全球健康发展研究院将营造求真、创新，跨学科及多元文化的学习环境，综合运用课程讲授、专题讨论、学术论坛、课题研究，社会实践、国际交流，以及论文写作等多种教学方法，培养具有开放的科学思维、宽扩的 国际视野，有效的沟通技能，能应对复杂多变世界的全球健康领域的领导者、政策制定者，高级研究人员，以及全球治理的外交人才。

全健院建立了朋辈导师与班主任的立体培养制度。学术导师与博士生之间保持着定期的交流，确保研究方向和学术进展的稳步推进。博士生班级定期举办了学术午餐会和参观访问国际组织等常规活动，以促进学术交流和拓宽学生的视野。

博士生须完成要求的学分，通过综合资格考试和专业领域资格考试、在导师的指导下开展科学研究并撰写论文，对全球健康与人类发展的重大问题，提出理论思想和解决方案。按要求完成学分学习和成功通过论文答辩，满足学位授予条件者，可获得博士学位证书。