研究院实行理事会领导下的院长负责制，下设理事会、顾问委员会、学术委员会和相关职能部门。理事会由北大分管校领导、研究院主要负责人、北大相关院系学科带头人、校外重大支持主体、核心合作方代表等构成。理事会负责审议和决定研究院的重大事务、制度规则以及主要负责人的任命。顾问委员会由国内外专家组成，负责指导研究院的发展方向，为研究院搭建与国际组织、各国政府及业界的沟通平台，并协助研究院的对外宣传和推介。学术委员会由研究院全职、双聘，以及个别兼职的资深教授组成，负责审定研究院的学术标准、学术项目、教师引进与职称评审等相关工作，参与研究院的咨询与研究。根据北京大学决定，研究院主要负责人如下：